V roce 1211 získal kostnický biskup oblasti u Meersburgu, jenž zůstaly ve vlastnictví kostnických biskupů do roku 1802. Roku 1299 poskytl král Albrecht meersburgské obci městské právo. Už dlouho před rokem 1414 zajišťovaly „ladiny“ lodní provoz mezi Meersburgem a Kostnicí. Roku 1418 se setkal král Zikmund na hradě Meersburg s vévodou Friedrichem IV. z Rakouska ve věci smíru a vrátil se poté zpět do Kostnice. Roku 1450 došlo k vyostření názorů mezi biskupem Jindřichem z Hewenu a občany Meersburgu. Starosta Simon Weinzürn byl v roce 1458 utopen v jezeře a roku 1461 byl úřad starosty zrušen. Pánem města se stal biskup. V letech 1635/1636 a 1646 řádil v Meersburgu mor. V letech 1820 a 1845 byly zbourány některé brany a věže starého městského opevnění.
