První písemná zmínka je z roku 817 v daňovém listu krále Ludvíka Pobožného klášteru St. Gallen. V roce 1250 se stal Marktdorf městem a v roce 1398 měl poprvé starostu. Po zaplacení odstupného ve výši 10.923 zlatých císaři roku 1414 bylo město spravováno kostnickým biskupstvím. Na pomoc při financování této sumy propůjčil biskup Otto III. Markdorfu městské právo. Vláda kostnických biskupů trvá do roku 1802. Obzvlášť třicetiletá válka a napoleonské války si vyžádaly svou daň. V roce 1842 došlo v Markdorfu k velkému požáru. V roce 1901 obdržel Markdorf železniční spojení do Friedrichshafenu. Také v důsledku toho stoupl počet obyvatel z 1.700 kolem roku 1900 na 13.450 v roce 2014.
