Z římského opěrného bodu „Constantia“ se v ranném středověku rozvinulo městské sídlo. Od 6. století do roku 1827 byla Kostnice sídlem největšího německého biskupství. Rozkvět zažívalo město od 10. do 15. století. Na tehdejší význam města ukazuje také to, že Kostnice byla v 15. století zvolena za místo konání Kostnického koncilu. Od roku 1414 do roku 1418 zde zasedali zástupci církví ze všech evropských zemí a zvolili roku 1417 Martina V. novým papežem. Roku 1527 se připojila Kostnice k reformaci. Po vítězství protireformace ztratilo roku 1548 město svoji říšskou svobodu a stalo se rakouským zemským městem. Díky blízko ležícím hranicím ke Švýcarsku zůstalo město ve 2. světové válce ušetřeno zničení.
Po příjezdu do Kostnice 3.11.1414 se Jan Hus ubytoval u vdovy Fidy. V jednom ze svých dopisů do Čech psal, že kvůli vysokým nákladům na ustájení koní v Kostnici poslal většinu koní a průvodce zpět k Ravensburgu a že si ponechal zdatného koně jménem Grabstyn, pro případ, až pojede naproti Zikmundovi. Dům v Husově ulici 64 byl dlouhé roky považován za místo, kde měl Hus strávit poslední dny svého svobodného života. Proto se v tomto středověkém domě v Husově ulici nachází muzeum českého církevního reformátora Jana Husa. Poté, co byla ve městě rozšířena zvěst o jeho plánovaném útěku, byl Hus pozván do biskupského paláce, kde byl neprodleně zatčen. Od 6. prosince 1414 do 24. března 1415 byl Hus vězněn v kobce dominikánského kláštera. Kobka měla být v kulaté věži východního křídla vedle jídelny kláštera. Následovalo věznění na hradě Gottliebenu. Velmi zdrcený Hus byl krátce před začátkem svých slyšení, asi na konci května nebo začátku června 1415, převezen opět do Kostnice, a sice do františkánského kláštera. V tomto klášteře se konala tři slyšení. Dne 6.7.1415 byl doveden Jan Hus do kostnického Münsteru, kde se konalo 15. zasedání koncilu. Po odsouzení koncilem, který stanovil okamžité vykonání rozsudku, nastoupil Jan Hus cestu k hranici. Místo upálení Jana Husa se nacházelo za branami města. Byl veden Geltingerskou branou (vystavěna 1408, zbořena 1837) na volné prostranství směrem ke Gottliebenu. V roce 1603 byl v těchto místech vystavěn klášter kapucínů. Od roku 1862 se na místě upálení Jana Husa a Jeronýma Pražského nachází památník „Husův kámen“.
