O založení Waldsee existuje pověst, která vypráví, že římská císařovna Helena v roce 330 poslala šlechtice Emeriuse do Germánie. Předala mu křesťanské svátosti, kterým měl nalézt zbožné místo. Našel hrad Wallsee. Bydlel v něm nadále Alban, syn Emeriuse, jako pán Walsee. Nejstarší dokument, který o Waldsee vypráví, Weißenburský kodex, zmiňuje rok 926. Už roku 1298 bylo Waldsee propůjčeno městské právo. Roku 1386 následovalo zastavení města Johannu von Waldburg. Když ale byla na vévodu Friedricha Rakouského uvalena klatba, protože na Kostnickém koncilu podporoval „nesprávného“ papeže, byl Johann z Waldburgu první, který vévodovi poslal slovní rozepři v dopise. Když Napoleon změnil struktury států, ztratilo Rakousko své předrakouské državy a Waldsee přešlo k Württenbergu. V roce 1950 Waldsee vzpomíná na to, že městská kronika zmiňuje v roce 1561 „Mayenband“. Stará tradice rašeliništních lázní byla znovu obnovena. Bad Waldsee je oficiálními rašeliništními léčivými lázněmi. V roce 1994 zde byly otevřeny termální lázně.
Neexistuje žádný archivní nález o pobytu Jana Husa ve Waldsee. Většina pramenů z této doby je deponována v knížecím Waldburgu Wolfeggschenského archivu na zámku Wolfegg.
Probošt kláštera Sv. Petra z Waldsee, Konrád Kügelin, byl přítomen na koncilu, mohl tedy Jana Husa poznat. Ale také v jeho písemnostech není o Husovi zmínka. Z doby, kdy možná Hus jel přes Waldsee na koni, se ve městě nacházejí následující památky: Špitál Sv. Petra, Sv. Ducha, Schussenriedrův dvůr, řada měšťanských domů ve vnitřním městě a zbytky městského opevnění.
