Die erste urkundliche Erwähnung erfolgte 817 in einer Schenkungsurkunde Kaiser Ludwigs des Frommen an das Kloster St. Gallen. Im Jahre 1250 wurde Markdorf zur Stadt und im Jahre 1398 hatte Markdorf erstmals einen Bürgermeister. Durch die Zahlung einer Ablösesumme von 10.923 Gulden an den Kaiser fällt die Stadt 1414 an das Hochstift Konstanz. Für die Hilfe bei der Finanzierung dieser Summe verleiht Bischof Otto III. Markdorf das Stadtrecht. Die Herrschaft der Konstanzer Bischöfe dauert bis 1802. Besonders der Dreißigjährige Krieg und die Napoleonischen Kriege forderten ihren Tribut. 1842 kam es in Markdorf zu einem großen Brand. 1901 erhielt Markdorf den Bahnanschluss nach Friedrichshafen. Auch infolgedessen stieg die Bevölkerung von 1.700 Einwohnern um 1900 auf 13.450 Einwohner im Jahr 2014 an.