1211 erwarb der Bischof von Konstanz Gebiete bei Meersburg, der bis 1802 im Besitz der Konstanzer Bischöfe waren. 1299 gewährt König Albrecht der Meersburger Gemeinde das Stadtrecht. Schon lange vor 1414 gab es über Lädinen einen Schiffsverkehr zwischen Meersburg und Konstanz. 1418 traf König Sigismund auf der Burg Meersburg Herzog Friedrich IV. von Österreich zur Aussöhnung und kehrte daraufhin nach Konstanz zurück. 1450 kam es zur Zuspitzung der Auseinandersetzungen zwischen dem Bischof Heinrich von Hewen und der Bürgerschaft Meersburgs. Bürgermeister Simon Weinzürn wurde 1458 im See ertränkt und 1461 wurde das Amt des Bürgermeisters abgeschafft. Der Bischof war nun der Herr der Stadt. 1635/36 und 1646 wütete die Pest in Meersburg. In den Jahren 1820 und 1845 werden im Meersburg manche Tore und Türme der alten Stadtbefestigung abgerissen.
