Die Stadt Prag und Umgebung gehörten schon immer zu den am dichtesten besiedelten Gebieten Böhmens. In der zweiten Hälfte des 6. Jahrhunderts wanderten Slawen nach Böhmen ein und ließen sich auf dem heutigen Stadtgebiet Prags nieder.
Die Prager Burg auf dem Hradschin ist die älteste nachweisbare mittelalterliche Ansiedlung im inneren Stadtgebiet. Hier wurden am Ende des 9. und im Laufe des 10. Jahrhunderts die ersten christlichen Kirchen errichtet.
Die größte der romanischen Siedlungen an der Moldaubiegung ließ König Wenzel I. um 1230/34 befestigen und erteilte ihr das Stadtrecht. Dieses Gebiet entspricht heute der Altstadt Prags. Im Zuge dessen wurde Prag zur königlichen Residenzstadt der böhmischen Herrscher ernannt.
In der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts durchlief die Stadt während Karl IV. und seines Sohnes Wenzel IV. den bisher umfassendsten Wandel: Ziel beider Herrscher war der Ausbau Prags zu einer würdigen Metropole der böhmischen Krone und des ganzen Heiligen Römischen Reiches. So wurde beispielsweise die bei einem Brand 1303 zerstörte Prager Burg wiederaufgebaut und das Bistum Prag zum Erzbistum erhoben.
Die Karls-Universität wurde 1348 gegründet und ist die älteste mitteleuropäische Universität. Jan Hus nach Prag studierte dort die Freien Künste und anschließend Theologie. Später wurde er zum Dekan der Fakultät der Freien Künste und 1409 schließlich zum Rektor der Universität ernannt.
Nicht weit von der Universität entfernt befindet sich die Bethlehemskapelle, die als Ort für Predigten in Tschechisch erbaut wurde. Jan Hus wurde 1402 zum vierten Prediger und Verwalter an die Kapelle berufen. Auch nach der Verbrennung von Hus blieb die Bethlehemskapelle unter seinem Nachfolger Jakobellus von Mies ein Zentrum der reformatorischen Bestrebungen in Böhmen und ein Platz der hussitischen Predigt.
Der Ausbruch der hussitischen Revolution im Jahr 1419, war ein erheblicher Rückschlag für die Entwicklung Prags, da das Stadtwachstum gedämpft wurde und in den folgenden Jahren zahlreiche kirchliche Bauten zerstört wurden. Der erste Prager Fenstersturz steht am Anfang der Hussitenkriege. Am 30. Juli 1419 stürmten Hussiten das Neustädter Rathaus am Viehmarkt (heute Karlsplatz) in Prag, um dort gefangene Glaubensgenossen zu befreien. Dabei warfen sie antihussitische Räte aus dem Fenster.
Ende des 16. Jahrhunderts machte Kaiser Rudolf II. Prag wieder zur Residenzstadt. Von dieser Zeit zeugen prachtvolle barocke Palais und Kirchen. Durch den dritten Prager Fenstersturz wurde der Dreißigjährige Krieg ausgelöst und auch der siebenjährige Krieg hinterließ Spuren in der Stadt.
Im Laufe des 19. Jahrhunderts erlebte Prag einen bedeutenden kulturellen Aufschwung. Es entstanden unter anderem das Nationalmuseum und das Nationaltheater. Die Stadt entwickelte sich zu einem Zentrum für junge Künstler und Literaten tschechischer und deutscher Sprache. So verkehrten unter anderem Franz Kafka und Rainer Maria Rilke in Prag.
Im Jahr 1915 wurde anlässlich des 500. Todestages auf dem Altstädter Ring ein monumentales Denkmal für Jan Hus eingeweiht. Auch in der Bethlehemkapelle erinnern noch heute die Wandmalereien an das Schicksal von Jan Hus. 1987 wurde die Kapelle von der Tschechischen Technischen Hochschule übernommen und auf eigene Kosten wiederaufgebaut. Die Wandmalereien bestehen aus Repliken der ursprünglichen Malereien der Kapelle, Texte hussitischer Lieder aus dem Gesangbuch von Jistebnice sowie aus Wandmalereien zum Konstanzer Konzil.