Während der Hussitenkriege gehörte die Stadt zu der radikalen, also Taboriter Seite. Nach einzelnen Rebellionen, z. B. durch den Abriss des Píseker Dominikanerklosters am 20. August 1419, wurde die Stadt im späten Frühling 1420 endgültig hussitisch. Deswegen wählte sie der Heerführer Jan Žižka im Herbst jenes Jahres für mehrere Wochen zu seinem Hauptquartier. Písek war der erste Ort, wo man die bekannten Fässer aufstellte, um Vermögenswerte für die ganze Kommune zu sammeln. Diesen gesammelten Besitz verwaltete der Hauptmann Matěj Louda von Chlumčany. Er wird auch auf einem Bild der Stadtgeschichte am ehemaligen Hotel Dvořáček gezeigt. Wie andere Gemeinden der Taboriter Union war Písek in der Zeit der Missachtung der königlichen Macht eine Art Stadtstaat, der im Grunde seine separate Politik führte.
Wirkliche Kriegsereignisse allerdings geschahen in Písek entweder überhaupt nicht, oder nur in einer sehr begrenzten Form. Der einzige Kampfkonflikt in der Nähe von Písek fand Ende März 1420 bei Sudoměř statt, wo mehrere hundert Hussiten ihre Position zwischen Teichen vor der königlichen Armee verteidigen konnten. Am Ort dieser Schlacht steht seit 1925 ein monumentales Steindenkmal von Jan Žižka. Die relative Ruhe von Písek nutzte auch Mikuláš von Pelhřimov, genannt Biskupec, Kopf und einer der führenden Theologen der Taboriter Kleriker, dem Bischof der Taboriten Kirche. Mikuláš bestimmte bald die Stadt zu seinem Dauersitz. Am 24. Februar 1422 fand in Písek die Tagung der hussitischen Synode, dem höchsten Kollektivorgan der hussitischen Kirche, statt.
