Die erste urkundliche Erwähnung Biberachs erfolgte im Jahre 1083, als Stadt 1258. Die Gründung des Biberacher Hospitals geht vermutlich auf das Jahr 1239 zurück. Das Hospital zum Heiligen Geist existiert heute noch als örtliche Stiftung des öffentlichen Rechts. 1320-1360 erfolgte der Neubau der Stadtpfarrkirche St. Martin, die seit 1548 von beiden christlichen Konfessionen gemeinsam genutzt wird.
Bereits 1386 wurden Biberacher Textilien (Barchent) im internationalen Fernhandel nach Prag geliefert. Als Reichsstadt erhielt Biberach mehrmals kaiserlichen Besuch: 1288 von Kaiser Rudolph I., 1309 von Heinrich VII. von Luxemburg und 1485 von Friedrich III. Nach dem Dreißigjährigen Krieg wurde im Westfälischen Frieden 1648 bestimmt, dass künftig alle Ämter und Ratsstellen in der Stadt paritätisch, das heißt konfessionell aufgeteilt oder doppelt besetzt werden, um eine Gleichheit zwischen den Konfessionen herzustellen.
Durch den Reichsdeputationshauptschluss vom 25. Februar 1803 kam die Reichsstadt Biberach zu Baden, 1806 zu Württemberg. Die ehemalige Reichsstadt wurde nun Oberamtsstadt. Der Oberamtsbezirk Biberach gehörte zunächst dem Bistum Konstanz an. Das heutige Rathaus wurde im Jahr 1503 fertig gestellt.
Sicher ist, dass Jan Hus in Biberach übernachtet hat. In seinem Brief vom 6.11.1414 aus Konstanz an die Freunde in Böhmen berichtete er von der Reise: „In allen Städten ging es uns gut. Wir wurden gut bewirtet und brachten die lateinischen und deutschen Bekanntmachungen in den Reichsstädten an. Dort führte ich auch Unterredungen mit den Magistern“. In der Reichsstadt Biberach beteiligte sich auch Ritter von Chlum an den Gesprächen mit Bürgern. Er sprach über Gehorsam und Kirchenbann so ausführlich und derart gelehrt und gewandt, dass man allgemein annahm, er sei ein getarnter Theologe. Das trug Hussens Begleiter den Spitznamen „Doktor von Biberach“ ein. Das Verhalten der Begleiter lobte Hus in einem Brief aus Konstanz. Sie boten ihm auf der Reise nicht nur den gewünschten Schutz, sondern predigten auch, um die Schuldlosigkeit von Hus zu bekräftigen. Hus nannte sie „Anwälte der Wahrheit“ und führte fort: „dank ihnen und des Herrn geht alles gut“.
Der Biberacher Chronist Johann Ernst von Pflummern vermeldet in seiner Chronik, die in der Zeit zwischen 1619 und 1635 entstand, das: „ein böhmischer Freiherr, Herr Johann von Chlum, welcher ein gelehrter Mann war, der sollte in seinem Durchreisen all hie zu Biberach mit der Priesterschaft einen langen Diskurs von päpstlicher Gewalt gehalten haben, also dass sie ihn einen Doctoren genennet, dahero als Hus aus seinem Gefängnis ihm etliche geheime Sendschreiben getan, er ihn tecto nomine den Doctor von Biberach genannt hat.“
In dem Buch von Georg Luz, "Beiträge zur Geschichte der ehemaligen Reichsstadt Biberach" (1876) findet sich auf Seite 65 folgender Eintrag: "1414. Johannes Hus und Hieronymus von Prag übernachten im 'Guldenen Lamb oder Schaaf', woselbst Franz Spet Gastgeber war." Weiter heißte es: "Anno 1414 ist das Consilium zu Costniz wider Johann Hußen angefangen worden, dem vill aus Schwaben undt andern Stätten als Nemblich Ulm, Augspurg, Hall, Ueberlingen, Biberach, Ravensburg, Lindau, Isny, Buchhorn, Memmingen, Riedling, Gesandte beygewohnt haben". Eine weitere Chronik, von Lucas Seidler (Städtische Archive M 5, Nr 1), enthält auf Seite 5 Folgendes: "Anno 1414, als das Concillium zu Constanz angefangen, ist Johannes Huss, allhier zu Biberach, den 1. November, bei dem Schaff übernacht gewest, den 3. d. zu Costanz ankommen und mit ihm Jeronimus von Prag.“
